La variante Ómicron, con sus distintos linajes, desplazó completamente a otras cepas de SARS-CoV-2 en los estudios de secuenciación genómica que realiza el Laboratorio de Genómica Microbiana (LGM) de la Universidad de Antofagasta.
La directora del LGM, Dra. Alexandra Galetovic Carabantes, explicó que en los resultados de muestras recolectadas en los meses de junio y julio, analizadas mediante Tecnología de Secuenciación por Nanoporo, la misma que emplea el Instituto de Salud Pública, todos los resultados arrojaron presencia de Ómicron, con prevalencia de sus linajes BA.2.12.2, BA.2 y BA.4.1.
La especialista contó que desde inicios de diciembre de 2021 a fines de enero 2022, la distribución de variantes en las muestras era 44% Ómicron y 56% Delta, pero desde febrero en adelante el panorama cambió y a la fecha todas las muestras analizadas corresponden a la primera variante, con sus respectivos linajes.
La escena es similar a la que se registra en el resto del país, donde las últimas 10 semanas Ómicron ha dominado totalmente los contagios, situación idéntica a la que se reporta en el mundo, con presencia de esta variante en el 99% de las secuencias notificadas en 30 días, según la plataforma GISAID.
Respecto a la peligrosidad de Ómicron, la Dra. Galetovic dijo que “esta variante presenta alto número de mutaciones en la región que codifica para la proteína espiga (S), que participa en la entrada del virus a las células del hospedero, lo que provoca escape de la inmunidad en personas que ya fueron infectadas o vacunadas incluso con las dosis de refuerzo”. De esta manera, agrega la investigadora de la UA, “Ómicron es capaz de causar reinfección y es más transmisible que la variante Delta”.
Transmisión
Un informe del Ministerio de Salud respecto a muestras secuenciadas y genotipificadas según antecedentes clínicos, entre el 22 de diciembre 2020 y el 28 de junio de 2022, indica que Ómicron genera un 56% de casos sintomáticos, lo que resulta inferior a sus predecesoras Delta (70%), Gamma (68%), Beta (72%) y Alfa (56%). Además, provoca 2,1% de hospitalizaciones, cifra superior a Beta (1,4%), pero inferior a Delta (5,9%), Gamma (13%) y Alfa (7,7%).
Sin embargo, Ómicron es mucho más transmisible que sus predecesoras. El ISP describe que es capaz de contagiar hasta 3 veces más que la variante Delta, aunque en otros países se ha reportado un potencial infeccioso hasta 5 veces mayor.
Ómicron, además, ha producido un gran número de linajes y sublinajes. Actualmente, el mismo ISP indica que, mediante secuenciación genómica completa, se ha identificado la circulación nacional de 87 linajes y sublinajes de esta variante, detectada por primera vez en Chile en noviembre de 2021.
La Dra. Alexandra Galetovic explica que la aparición de nuevas variantes del virus SARS-CoV-2 es potenciada por el aumento de contagios, debido a que las mutaciones en el virus se ven favorecidas en el hospedero humano. “En otras palabras, con alto número de personas contagiadas, existe mayor probabilidad de surgimiento de nuevas variantes o linajes del SARS-CoV-2”, comentó.
Según la investigadora, esto encierra un riesgo, pues las nuevas variantes podrían ser más transmisibles o virulentas que las actuales, lo cual puede causar un impacto en términos de la demanda de atención y recursos en salud. “Tenemos que pedir a las personas mantener las medidas sanitarias a pesar de existir vacunas. Deberemos acostumbrarnos a convivir con el virus por un tiempo prolongado, seguir con las medidas de autocuidado. El uso de mascarilla es muy importante para ralentizar la transmisibilidad del virus”, dijo.
A esto, la especialista sumó el aporte de la ciencia y la tecnología para el desarrollo de vacunas que consideren las nuevas mutaciones, como también el surgimiento de medicamentos antivirales. Todo esto, afirmó, “será clave para hacer frente a los desafíos que nos sigue planteando la pandemia por COVID-19”.
Laboratorio
Tras su validación por parte del ISP, en agosto del año pasado, el Laboratorio de Genómica Microbiana de la Universidad de Antofagasta se integró a la red de monitoreo de variantes de SARS-CoV-2 en Chile, aumentando lentamente sus capacidades de vigilancia de 24 muestras semanales, a 96 muestras semanales en la actualidad.
La directora del LGM explicó que esta tarea es muy relevante en la situación actual, pues permite mantener información actualizada sobre las variantes circulantes para apoyar decisiones de Salud Pública, en especial debido a que las nuevas variantes pueden resultar más infectivas o letales, no ser detectadas por los métodos de diagnóstico habituales y/o evadir la inmunidad. Del mismo modo, destacó que el LGM espera contribuir más adelante a la vigilancia de otros virus y patógenos en la región, de manera de seguir colaborando con las instituciones de salud del país.
Cabe precisar que el laboratorio cuenta con una red de colaboración nacional integrada por las universidades chilenas que participan en el Consorcio de Genomas CoV-2, y una red internacional de la cual son parte la John Hopkins University, NIH y el CDC de Estados Unidos.
